Les programmes informatiques sont devenus comme des pivots dans plusieurs domaines de la vie, et l’on peut parfois être amené à surestimer l’exactitude des résultats d’un programme. Cependant, il peut arriver que certains programmes comportent des bogues qui pourraient engendrer de faux résultats. Récemment, des scientifiques hawaïens ont découvert un bogue dans un morceau de code Python qui aurait pu donner des résultats incorrects dans plus de 100 études publiées qui ont cité l'article original. Le bogue entraîne une variation des résultats d’un calcul en fonction du système d'exploitation utilisé.Les scientifiques d’Hawaii ont détecté un bogue dans un morceau de code Python qui aurait pu donner des résultats incorrects dans plus de 100 études publiées qui ont cité l'article original. Le bogue a fait varier les résultats d'un calcul chimique, commun à plusieurs études, en fonction du système d'exploitation utilisé, ce qui a entraîné des divergences entre les systèmes Mac, Windows et Linux. Mardi, les chercheurs ont publié leur découverte et une version déboguée du script (d'environ 1 000 lignes de code) dans la revue Organic Letters.
À l’origine de la découverte, Yuheng Luo, un étudiant diplômé de l'Université d’Hawaii à Mānoa. Il s’est rendu compte du problème cet été alors qu'il vérifiait les résultats des recherches menées par le professeur de chimie Philip Williams sur les cyanobactéries (un embranchement de bactéries, également appelées « algues bleues »), en utilisant un script écrit en Python qui a été publié dans le cadre d'un article de 2014 dans la revue Nature Protocols. Les procédés du chimiste Williams consistaient à trouver des composés qui sont efficaces contre le cancer.
Le script utilisé par Luo calcule les valeurs de décalage chimique pour la RMN, ou spectroscopie par résonance magnétique nucléaire, une technique couramment utilisée par les chimistes pour déterminer la composition moléculaire d'un échantillon. Seulement, ses résultats ne correspondaient pas aux valeurs de RMN que le groupe de Williams avait précédemment calculées, et lorsque d’autres élèves ont à leur tour exécuté le code sur leurs ordinateurs, ils ont réalisé que les différents systèmes d'exploitation produisaient des résultats différents.
Rui Sun, professeur de chimie à l'université d'Hawaii à Mānoa et qui supervisait les calculs de Luo, a ensuite ajusté le script pour corriger le problème, qui avait rapport à la façon dont les différents systèmes d'exploitation trient les fichiers. Patrick Willoughby, le premier auteur de l'étude de 2014, et qui a écrit le script, a qualifié la nouvelle étude de « bel exemple de science qui travaille pour faire avancer le travail que nous avons présenté en 2014 ». « Ils ont rendu un service extraordinaire à la communauté en révélant ce problème », a-t-il déclaré.
Le script comportant le bogue fait partir des scripts Python baptisés « Willoughby-Hoye », permettant de calculer les valeurs de décalage chimique pour la RMN (résonance magnétique nucléaire). Ce qui inquiète le plus les chercheurs, c’est que la découverte de ce bogue dans le script remet en question les conclusions de plusieurs autres études qui ont cité ou ont utilisé les résultats des calculs chimiques effectués par Patrick Willoughby en 2014. Ils estiment que les auteurs de ces études devraient reprendre leurs calculs avec le script corrigé.
« Ce simple bogue dans le script original remet en question les conclusions de plusieurs articles sur un large éventail de sujets d'une manière qui ne peut pas être facilement résolue à partir d'informations publiées parce que le système d'exploitation est rarement mentionné », ont-ils écrit dans leur article publié mardi dernier dans la revue Organic Letters. « Les auteurs qui ont utilisé ces scripts devraient certainement revérifier leurs résultats et toute conclusion pertinente en utilisant les nouveaux scripts modifiés », ont-ils ajouté.
Les chercheurs estiment que le bogue a pu produire de graves effets en aval. Par exemple, si le code amenait Williams à mal identifier le contenu de son échantillon, les chimistes essayant de recréer la molécule à tester en tant que médicament potentiel contre le cancer seraient à la poursuite du mauvais composé. Le nombre d’articles qui ont pu être affectés par ce problème n’est pas connu, car les chercheurs ne divulguent généralement pas le système d'exploitation qu'ils utilisent pour leurs analyses, il ne devrait pas être pertinent.
Néanmoins, d'après les données de Nature Protocols, le document de 2014 a été consulté près de 1900 fois et cité dans 158 autres études. Toutefois, il est également possible que toutes les études qui ont cité l'article n'aient peut-être pas utilisé le script qui contenait le bogue. Rob Keyzers, professeur de chimie à l'université Victoria de Wellington en Nouvelle-Zélande, qui avait cité le protocole dans une étude publiée cette année, a déclaré qu'il n'était pas au courant du problème et qu’il ne pense pas que cela affecte ses résultats.
Rob Keyzers a déclaré qu'il n'était pas « indûment inquiet » de ses résultats puisque son groupe n'a pas utilisé le script contenant le bogue. Malgré cela, il pense bien vérifier ses différentes conclusions. « Je vais certainement vérifier soigneusement nos données pour m'assurer que nous ne faisons pas de réclamations injustifiées », a-t-il ajouté. Williams et Sun ont contacté les auteurs de l'article original, les avertissant du bogue. Williams espère qu’ils travailleront ensemble pour informer les chercheurs qui avaient utilisé le code de l'existence du bogue.
Willoughby et Thomas Hoye prévoient de mettre à jour leur étude publiée dans la revue Nature Protocols. Ils ont reconnu le problème et fourniront le correctif écrit par le professeur Sun. Un porte-parole de Nature Protocols a également déclaré qu'ils examinaient les questions soulevées dans la nouvelle étude (publiée mardi par Sun et ses collaborateurs dans la revue Organic Letters), mais que pour des raisons de confidentialité, ils ne pouvaient commenter les cas individuels.
Selon Williams, l'incident rappelle que la science est collaborative et qu'elle s'autocorrige idéalement, mais que rien ne peut être tenu pour acquis. « C'est une erreur minime et subtile. Nous pensons tous en quelque sorte qu'un programme informatique génère toujours la bonne réponse », a-t-il conclu.
Source : ACS Publications, Étude originale (2014)
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Envoyé par Daïmanu
